Marcos ganhou o “santo” em seu nome anos depois de sua estreia pelo Palmeiras. No dia 16 de maio de 1992, com apenas 18 anos, o arqueiro fez sua primeira aparição na equipe principal em um amistoso contra a Esportiva Guaratinguetá, que acabou em 4 a 0 para o alviverde. Os gols foram marcados por Toninho Cecílio, Márcio, Edu Marangon e Biro, mas, o mais importante para o então jovem arqueiro: ele não foi vazado.
O atleta só voltaria a defender a meta palmeirense novamente no dia 30 de março de 1996, quatro anos após aquele amistoso, quando o placar foi o mesmo contra o XV de Jaú, pelo Campeonato Paulista. Ele substituiu Velloso nos minutos finais da partida.
No entanto, Marcos considera sua verdadeira estreia pelo Palmeiras em 19 de maio daquele ano, contra o Botafogo-SP, também pelo estadual. No Palestra Itália, a partida foi novamente uma goleada por 4 a 0, com uma defesa de pênalti do jogador, que entrou como titular pela primeira vez.
A titularidade absoluta de Marcão, porém, veio apenas em 1999. Com uma contusão, Velloso precisou ser substituído e o arqueiro foi o escolhido pelo técnico Luiz Felipe Scolari, lembrando que o Palmeiras ainda tinha Sérgio como opção. Foi neste ano, então, que Marcos ganhou a alcunha de santo durante a disputa da Copa Libertadores, a única vencida pelo alviverde em toda a sua história.
Ele operou diversos milagres, pegou pênaltis decisivos, inclusive contra o maior rival Corinthians, e foi peça fundamental durante a campanha do título. Além deste, o mais importante da carreira, Marcos também conquistou Mercosul, Brasileiro, Copa do Brasil, Copa dos Campeões, Série B, Torneio Rio-São Paulo e Campeonatos Paulistas.
Durante toda a carreira, Marcos esteve no Palmeiras. Daquele dia 16 de maio de 92, há 28 anos, até sua última partida, no dia 18 de setembro de 2011, foram 532 partidas oficiais, só sendo superado por Leão, com 617. Ainda vale lembrar, claro, o pentacampeonato conquistado com Felipão e a Seleção Brasileira em 2002.
Atualmente, dono de uma marca de cerveja, a Cerveja 12, em referência ao número da camisa que usava no Palmeiras, ele também segue como grande torcedor do clube, participando de discussões acaloradas nas redes sociais e alfinetando rivais com o bom humor pelo qual é conhecido no meio esportivo.